擔子菌門（學名：Basidiomycota）是一類高等真菌，構成雙核亞界，包含2萬多種，包括蘑菇、木耳等主要食用菌。更具體地說，擔子菌門包括以下組：蘑菇，馬勃，stinkhorns（鬼筆科），支架真菌，和人體致病酵母隱球菌屬等等。
擔子菌門的真菌基本全為陸生品種，主要特徵是由多細胞，有橫隔膜的菌絲體組成，菌絲分為兩種，初生菌絲體的細胞只有一個細胞核，次生菌絲體的細胞有兩個核，兩個核的次生菌絲體可以形成一種子實體，稱為擔子果（basidioma , basidiocarp），經過有性繁殖過程，在擔子上生成4個有性擔孢子（basidiospores）；沒有無性孢子。
擔子菌門的真菌種類繁多，有可以食用的，有可以藥用的，也有許多種類有毒，與人類的生活關係較大。擔子負於擔子果上，除鏽菌和黑粉菌外擔子果多大而顯著。
由67位真菌學家一個聯合所採用的最新的分類[1]認可三種亞門（柄鏽菌亞門，黑粉菌亞門，傘菌亞門）和兩個其他綱級別的類群（節擔菌綱，根腫黑粉菌綱），除了擔子菌門之外。截至目前分類的亞門合併，和削減了在以前常用來描述擔子菌門的各種過時的分類種群（見下文）。根據2008年的估計，擔子菌門包括三個亞門（其中包括6名未分配的綱）16個綱，52個目，177個科，1589個屬，31515個物種[2]。
傳統上，擔子菌門分為現在已廢棄的兩大類：
最新的分類
- 傘菌亞門 Agaricomycotina
- 傘菌綱 Agaricomycetes
- 傘菌亞綱 Agaricomycetidae
- 傘菌目 Agaricales
- 蘑菇科 Agaricaceae：包括蘑菇、洋菇
- 鵝膏菌科 Amanitaceae：大部分有毒
- Amylocorticiaceae
- 糞鏽傘科 Bolbitiaceae：包括柳松茸、姬松茸(巴西蘑菇)
- Broomeiaceae
- 珊瑚菌科 Clavariaceae：大部分可食
- 鬼傘科 Coprinaceae~會快速融化
- 絲膜菌科 Cortinariaceae~會分泌絲狀物
- 鏽耳科 Crepidotaceae
- 靴耳科 Crepidotaceae
- 掛鍾菌科 Cyphellaceae
- 皮革菌科 Cystostereaceae
- 粉褶菌科 Entolomataceae：大部分有毒
- 牛舌菌科 Fistulinaceae
- Gigaspermaceae
- 鉚釘菇科 Gomphidiaceae
- Hemigasteraceae
- 軸腹菌科 Hydnangiaceae
- 蠟傘科 Hygrophoraceae：大部分有毒
- Inocybaceae
- Limnoperdacea
- 馬勃科 Lycoperdaceae
- 離褶傘科 Lyophyllaceae
- 小皮傘科 Marasmiaceae
- 小菇科 Mycenaceaae
- Niaceae
- Nidulariaceae 鳥巢菌科：菇體呈鳥巢狀，內有蛋型小孢體，下方有彈簧狀絲索，下雨時會彈出增加傳播距離
- 網褶菌科 Paxillaceae
- Phelloriniaceae
- Physalacriaceae
- 側耳科 Pleurotaceae：包括香菇、杏鮑菇、秀珍菇、鮑魚菇、黃金菇
- 光柄菇科 Pluteaceae：包括草菇
- 羽瑚菌科 Pterulaceae
- 裂褶菌科 Schizophyllaceae
- Stephanosporaceae
- 球蓋菇科 Strophariaceae裸蓋菇屬有毒，鱗傘屬、球蓋菇屬大多可食
- Tapinellaceae
- 口蘑科 Tricholomataceae：包含金針菇、雞肉絲菇、松茸
- Typhulaceae
- 碘伏革菌目 Amylocorticiales
- 阿太菌目 Atheliales
- 牛肝菌目 Boletales
- 牛肝菌科 Boletaceae~大部分可食
- Tapinellaceae
- 乳牛肝菌科 Suillaceae
- 干朽菌科 Serpulaceae
- 硬皮馬勃科 Sclerodermataceae
- 須腹菌科 Rhizopogonaceae
- 原腹菌科 Protogastraceae
- 樁菇科 Paxillaceae
- 層腹菌科 Hymenogasteraceae
- 圓孢牛肝菌科 Gyroporaceae
- 腹孢菌科 Gastrosporiaceae
- 小腹菌科 Gasterellaceae
- 雙核菌科 Diplocystaceae
- 粉孢革菌科 Coniophoraceae
- 美口菌科 Calostomataceae
- 小牛肝菌科 Boletinellaceae
- Jaapiales
- Lepidostromatales
- 鬼筆亞綱 Phallomycetidae
- 銀耳綱 Tremellomycetes
- Cystofilobasidiales
- 線黑粉菌目 Filobasidiales
- 銀耳目 Tremellales：白木耳
- 花耳綱 Dacrymycetes
- 花耳目（Dacrymycetales）
- 地位未定
- 木耳目 Auriculariales：黑木耳、毛木耳
- 雞油菌目 Cantharellales
- 滑瑚菌科 Aphelariaceae
- Botryobasidiaceae
- 雞油菌科 Cantharellaceae：大部分可食
- 角擔菌科 Ceratobasidiaceae
- 鎖瑚菌科 Clavulinaceae
- 齒菌科 Hydnaceae：大部分可食
- 膠膜菌科 Tulasnellaceae
- 伏革菌目 Corticiales
- 褐褶菌目 Gloeophyllales
- 刺革菌目Hymenochaetales
- 多孔菌目 Polyporales
- 地花菌科 Albatrellaceae
- Atheliaceae
- 絨柄革菌科 Boreostereaceae
- 伏革菌科 Corticiaceae~平舖在腐木上
- 掛鐘菌科 Cyphellaceae
- Cystostereaceae
- Epitheliaceae
- 白肉迷孔菌科 Fomitopsidaceae
- 靈芝科 Ganodermataceae~靈芝，中藥材
- Gloeophyllaceae
- Grammotheleaceae
- Hapalopilaceae
- Hyphodermataceae
- 亞灰樹花菌科Meripilaceae
- Meruliaceae
- Phanerochaetaceae
- Podoscyphaceae
- 多孔菌科 Polyporaceae~包括茯苓、豬苓、牛樟芝
- Sistotremataceae
- Sparassidaceae
- Steccherinaceae
- Tubulicrinaceae
- Xenasmataceae
- 紅菇目 Russulales
- 地花菌科（Albatrellaceae）
- 澱粉韌革菌科（Amylostereaceae）
- 耳匙菌科（Auriscalpiaceae）
- 刺孢多孔菌科（Bondarzewiaceae）
- 木齒菌科（Echinodontiaceae）
- 猴頭菌科（Hericiaceae）~包括猴頭菇
- Hybogasteraceae
- 茸瑚菌科（Lachnocladiaceae）
- 隔孢伏革菌科（Peniophoraceae）
- 紅菇科（Russulaceae）~會分泌乳汁
- Gloeocystidiellaceae
- 韌革菌科（Stereaceae）
- 蠟殼耳目 Sebacinales~~與蘭科等植物共生形成蘭菌根
- 革菌目 Thelephorales
- 糙孢孔目 Trechisporales
- 柄鏽菌亞門 Pucciniomycotina
- 傘型束梗孢菌綱（Agaricostilbomycetes）
- 傘型束梗孢菌目（Agaricostilbales）
- Spiculostilbales
- 小紡錘菌綱（Atractiellomycetes）
- 小紡錘菌目（Atractiellales）
- Classiculomycetes
- 隱菌寄生菌綱（Cryptomycocolacomycetes）
- 隱團菌目（Cryptomycocolacales）
- 囊擔子菌綱（Cystobasidiomycetes）
- 小葡萄菌綱（Microbotryomycetes）
- 混合菌綱（Mixiomycetes）
- 混合菌目 Mixiales
- 柄鏽菌綱（Pucciniomycetes）
- 黑粉菌亞門Ustilaginomycotina
- 根腫黑粉菌綱（Entorrhizomycetes）
- 根腫黑粉菌目（Entorrhizales）
- 黑粉菌綱（Ustilaginomycetes）
- 外擔菌綱（Exobasidiomycetes）
- 地位未定
- 馬拉色菌目（Malasseziales）
- 地位未定
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