演化分類~子囊菌

子囊菌門（學名：Ascomycota）是真菌界中種類最多的一個門，其中除酵母亞門為單細胞外，其餘種類都是多細胞的，有分枝、有隔的菌絲組成的。

在無性繁殖時，會出芽或分生孢子；有性繁殖時都能形成有蓋或無蓋的、棒狀或卵形的子囊，通常子囊內進行減數分裂生成八個子囊孢子，子囊分散、單細胞種類子囊裸露、多細胞種類子囊包在由菌絲結成的子實體內，稱為子囊果。

子囊菌門的真菌都是寄生或腐生，對人類生活非常重要的有酵母菌、冬蟲夏草、青黴菌、可以食用的羊肚菌等，也有很多種為植物致病菌。

可分成以下三個亞門：

• 外囊菌亞門 (Taphrinomycotina)
  • 粒毛盤菌綱 Neolectomycetes
  • 肺孢子菌綱 Pneumocystidomycetes
  • 裂殖酵母綱 Schizosaccharomycetes
  • 外囊菌綱 Taphrinomycetes
• 酵母亞門 (Saccharomycotina)
  • 酵母綱 Saccharomycetes：酵母菌
• 盤菌亞門 (Pezizomycotina)
• 星裂菌綱 Arthoniomycetes
• 座囊菌綱 Dothideomycetes
• 散囊菌綱 Eurotiomycetes：麴菌
• 蟲囊菌綱 Laboulbeniomycetes
• 茶漬綱 Lecanoromycetes
• 錘舌菌綱 Leotiomycetes
• Cyttariales
• 白粉菌目
• 柔膜菌目~柔膜菌、核盤菌、火絲菌
• Leotiales
• Rhytismatales
• Thelebolales
• 李基那地衣綱 Lichinomycetes
• 圓盤菌綱 Orbiliomycetes
• 盤菌綱 Pezizomycetes
• 盤菌目 Pezizales~肉杯菌、馬鞍菌、羊肚菌
• 糞殼菌綱 Sordariomycetes
• 肉座菌亞綱 Hypocreomycetidae~包含麥角菌，寄生昆蟲產生冬蟲夏草，寄生禾本科造成麥角菌中毒
• 糞殼菌亞綱 Sordariomycetidae
• 炭角菌亞綱 Xylariomycetidae~煤灰菌
• 刺盾炱綱 Chaetothyriomycetes