演化分類~古蟲界

許多古蟲界的物種缺乏典型的粒線體，被稱作「無粒線體原生生物」（amitochondriate），雖然大多數可能包含了功能上類似於粒線體、形態有很大變化的胞器。其它的古蟲界的生物有粒線體，粒線體皺褶呈管狀、盤狀、薄片狀。大多數古蟲界物種有兩個、四個甚至更多的鞭毛[3]，很多物種有顯著的腹部攝食溝（feeding groove）超微結構，內部由微管支撐。[4]如果有系統發生的基因證據，其它缺乏這一特徵的物種也可以歸屬於古蟲界。

古蟲界在門/綱的級別上分為六類。

總門	門/綱	有代表性的屬	描述
盤皺褶亞界Discoba或JEH	眼蟲門 Euglenozoa	眼蟲（Euglena） 錐蟲（Trypanosoma）	很多是重要的寄生蟲，很多含有色素體（葉綠體）
	透色門 Percolozoa 滲養門Heterolobosea	耐格里原蟲（Naegleria） 集胞黏菌（Acrasis）	大多數的形態在鞭毛蟲與似變形蟲之間
	雅各巴蟲綱 Jakobea	雅各巴蟲（Jakoba） 異營鞭毛蟲（Reclinomonas）	自由生活，有的具鞭毛，有基因豐富的粒線體
後滴門Metamonada或POD	Preaxostyla	銳滴蟲 (Oxymonads) 三鞭毛蟲（Trimastix）	無粒線體，有鞭毛，或者自由生活（三鞭毛蟲）或者寄生於昆蟲的後腸（hindgut）
	多鞭毛蟲綱 Trichozoa或Fornicata	賈第蟲（Giardia）Carpediemonas	無粒線體，大多數共生或寄生在動物體內。
	副基體綱 Parabasalia	毛滴蟲屬（Trichomonas）	無粒線體有鞭毛，一般共生在昆蟲腸內。某些是人體寄生蟲。

感染人類的古蟲界動物

鞭毛蟲：梨形鞭毛蟲(脂瀉)、大腸纖毛蟲(水瀉) 、陰道滴蟲

錐蟲：南美錐蟲(卡洛氏病)、非洲錐蟲(睡眠病)、利什曼原蟲(黑熱病)