演化分類~囊泡蟲類

囊泡蟲類可分為4個門, 在形態上具有非常大的多樣性，但根據細胞內的超微結構與基因具有密切親緣關係:

• 頂復門(Apicomplexa) - 營寄生的原生生物，缺少軸絲運動結構，但是配子例外；
• 無類錐體綱 Aconoidasida（= Hematozoa，沒有類錐體）
• 血孢子蟲目Haemospororida
  • Garniidae
  • 血孢子蟲科Haemoproteidae
  • Leucocytozoidae
  • 瘧原蟲科Plasmodiidae
• 梨形蟲目 Piroplasmida
  • 巴貝蟲科 Babesiidae
  • 泰勒蟲科 Theileridae
• 類錐體綱 Conoidasida（有類錐體）
  • 球蟲亞綱 Coccidia (= Coccidiasina)
  • 簇蟲亞綱Gregarinia (= Gregarinasina)
• 色蟲門(Chromerida) - 一種具有光合自養的海生原生動物，是頂復門與藻類的進化過渡的中間物種；
• 纖毛蟲門(Ciliate) - 非常常見的原生動物，具有成排的纖毛

• Postciliodesmatophora亞門[編輯]

  • 核殘跡綱 Karyorelictea Corliss，1974
  • 異毛綱 Heterotrichea Stein，1859

  Intramacronucleata亞門[編輯]

  • 旋毛綱 Spirotrichea Butschli，1889^[4]
    • 環毛亞綱 Small & Lynn 1985（如丁丁蟲 Tintinnidium）
    • 寡毛亞綱 Oligotrichia (e.g. Halteria)^[5]
    • 排毛亞綱 Stichotrichia (e.g. Stylonychia)
    • Subclass Hypotrichia (e.g. Euplotes)
  • 葉口綱 Litostomatea Small & Lynn，1981
    • Subclass Haptoria (e.g. Didinium)
    • 毛口亞綱 Trichostomatia Butschli，1889
  • 葉咽綱 Phyllopharyngea de Puytorac et al.，1974
    • 葉咽亞綱 Phyllopharyngia (e.g. Chilodonella uncinata
    • Subclass Rhynchodia
    • Subclass Chonotrichia
    • 吸管亞綱 Suctoria (e.g. Podophrya)
  • 籃口綱 Nassophorea Butschli，1889
  • Class Colpodea Small & Lynn，1981 (e.g. Colpoda)
  • 前口綱 Prostomatea (e.g. Coleps)^[6]
  • 寡膜綱 Oligohymenophorea de Puytorac et al.，1974
    • 咽膜亞綱 Peniculia Corliss，1956 （如草履蟲 Paramecium）
    • 膜口亞綱 Hymenostomatia Delage & Herouard，1896 （如四膜蟲Tetrahymena）
    • Subclass Scuticociliatia
    • 緣毛亞綱 Peritrichia Stein，1859
    • Subclass Astromatia
    • Subclass Apostomatia
  • Class Plagiopylea Small & Lynn，198
    5
• 雙鞭毛蟲門(Dinoflagellate) - 大都是海生鞭毛蟲，往往有葉綠體

• 縱裂甲藻綱（Desmophyceae）
  • 原甲藻目（Prorocentrales）
• 橫裂甲藻綱（Dinophyceae）
  • 多甲藻目（Peridi-niales）
  • 變形甲藻目（Dinamoebidiales）
  • 膠甲藻目（Gloeodiniales）
  • 球甲藻目（Dinococcales）
  • 絲甲藻目（Dinotrichales）
• 夜光藻綱（Noctiluciphyceae）
• 共甲藻綱（Syndiniophyceae）

囊泡蟲最著名的公共特徵是存在皮層內生膜囊(cortical alveoli), 扁平的囊泡摺疊為連續層支撐著膜，通常形成靈活的薄皮。雙鞭毛蟲通常形成硬殼。 囊泡蟲具有帶管狀嵴的粒線體。鞭毛或纖毛有不同結構.

感染人類的囊泡蟲界生物

瘧原蟲：P. vivax（間日瘧）、P. ovale（卵圓瘧）、P. falciparum（惡性瘧）、P. malariae（三日瘧）

剛地弓形蟲Toxoplasma gondii~貓糞汙染生肉

孢子蟲：肉孢子蟲、等孢子蟲、隱孢子蟲