演化分類~生物分類學

早期分類系統

最早已知的對生命形式的分類系統由希臘哲學家亞里士多德所建立。他將動物根據運動方式（空中，陸上或水中）分類。
在中國，明代李時珍（約1518–1593）在藥典《本草綱目》中，將生物藥材分爲草部、穀部、菜部、果部、木部、蟲部、鱗部、介部、禽部、獸部和人部。瑞士教授康拉德·格斯納（Conrad Gesner, 1516–1565）將當時已知的生物進行了分析性的歸納。
新大陸的發現爲歐洲帶來了很多新奇的動物種類的描述和標本。在16世紀晚期和17世紀早期，人們開始對動物進行了詳細描述，先是人們熟悉的種類，隨後逐漸擴展，直到形成了基於解剖學基礎的足夠大的知識體系。這些解剖學知識主要來源於醫學解剖學家，隨後昆蟲學家和最初的顯微鏡學者將分類的範圍進一步擴大。

林奈氏分類法

生物分類級別（Taxonomic rank）
中文		拉丁語		英語
域		regio		domain
界		regnum		kingdom
門		phylum	divisio	phylum (動物學)	division (植物學)
綱		classis		class
目		ordo		order
科		familia		family
屬		genus		genus
種		species		species

卡爾·林奈（Carolus Linnaeus, 1707–1778）的巨著《自然系統》（拉丁文Systema Naturae）在其一生中被改編過12次（1735年第一版）。在此書中，自然界被劃分爲三個界：礦物、植物和動物。林奈用了四個分類等級：綱、目、屬和種。

林奈所建立了用於命名所有物種的學名的方法，並沿用至今。在林奈之前，命名一個物種需要很長的包括許多單詞的名稱，其中包括了對物種的描述，並且這些名稱不固定。林奈將物種名稱統一成兩個單詞的拉丁文名稱，即學名，由此分開了命名法和分類法。這種生物命名的方法稱作雙名法，具體命名辦法和書寫規則參見雙名法條目。

目前，命名法由命名法規（Nomenclature Codes）所管理。命名包括了不同等級的分類單元的名稱。

動物界
–哺乳綱（Mammalia)
–鳥綱（Aves)
–兩棲綱（Amphibia）<包含爬行動物>
–魚綱（Pisces）
–昆蟲綱（Insecta）<所有節肢動物>
–蠕蟲綱（Vermes）<剩下的無脊椎動物>

植物界

單雄蕊綱、二雄蕊綱、三雄蕊綱、四雄蕊綱、五雄蕊綱、六雄蕊綱、七雄蕊綱、八雄蕊綱、九雄蕊綱、十雄蕊綱、十二雄蕊綱、二十雄蕊綱、多雄蕊綱、二強雄蕊綱、四強雄蕊綱、單體雄蕊綱、二體雄蕊綱、多體雄蕊綱、聚藥雄蕊綱、合體雄蕊綱、雌雄同株綱、雌雄異株綱、雌雄雜株綱、隱花植物綱

1886年：三界系統

1904年~國際動物命名法規

1906年~國際植物命名法規(2012改稱國際藻類真菌植物命名法規)

<門、科於上兩個會議後開始使用>

1969年：五界系統

1977年：三域系統

演化論與分類目標的改變

存有大鍊

• 生物固定不變
• 生物有階層，人最近神，越不像人越低下
• 相似特徵是神設計各種生物的模板
• 猿猴為設計上比人低階的生物
• 分類是為了彰顯階層的存在，並方便人類利用其他生物

演化樹

• 生物演化改變 
• 生物無高下之分，只有適應環境與否 
• 相似特徵是同源演化(來自相同祖先)或同功演化(適應相同環境) 的結果 
• 人從猿猴演化而來，人即是猿猴 
• 分類是為了確定生物之間的親緣關係，充實演化樹的架構

支序分類法的發展

趨同演化（Convergent evolution）使得型態分類學的親緣關係仍有爭議

1960s後開始利用分子生物學來確定不同物種分別演化的確切年代

最終目標：修正or取代傳統分類

單系群(Monophyletic group)：某個最近共同祖先及其所有後代

並系群(Paraphyletic group)：某個最近共同祖先，但不包括所有後代

多系群(Polyphyletic group)：來自不同分支，不包含共同祖先及其他後代

分類單元應為單系群，避免並系群或多系群